NextcladeAtaskaita meg_id open 4 (rengiama) Kuriama (develop)

Duomenų laukai

meg_id string open

Mėginio identifikacinis numeris

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kladas string open

Priskirtas kladas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
nextstrain_kladas string open

Priskirtas kladas pagal Nextstrain programinę įrangą

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pso_kladas string open

Priskirtas kladas pagal Pasaulinę sveikatos organizaciją

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
filog_linija string open

Pilnas filogenetinės linijos pavadinimas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
sutrump_filog_linija string open

Sutrumpintas filogenetinės linijos pavadinimas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
klado_padetis string open

Padėtis kladogramoje arba filogenetiniame medyje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kokybes_balas number open

Bendras kokybės kontrolės balas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kokybes_statusas string open

Bendras kokybės kontrolės statusas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_pakaitu integer open

Visuminis/bendras pakaitų kiekis nukleotidinėje sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_pakaitu_sar string open

Sąrašas aptiktų nukleotidų sekų pakeitimų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_iskr integer open

Visuminis/bendras iškritų kiekis nukleotidinėje sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_iskr_sar string open

Sąrašas aptiktų nukleotidų iškritų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_inser integer open

Visuminis/bendras insercijų kiekis nukleotidinėje sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_inser_sar string open

Sąrašas aptiktų nukleotidų insercijų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_trukstamu integer open

Visuminis/bendras trūkstamų nukleotidų kiekis

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nusk_posl integer open

Sąrašas aptiktų rėmelio poslinkio pokyčių

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nusk_posl_sar string open

Visuminis/bendras skaitymo rėmelio poslinkis

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
neidentifikuoti_nk integer open

Visuminis/bendras neidentifikuotų nukleotidų kiekis

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_pakaitu integer open

Visuminis/bendras aminorūgščių pakaitų kiekis a. r. sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_pakaitu_sar string open

Sąrašas aptiktų aminorūgščių pakeitimų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_iskr integer open

Visuminis/bendras aminorūgščių iškritų kiekis sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_iskr_sar string open

Sąrašas aptiktų aminorūgščių iškritų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_inser integer open

Visuminis/bendras aminorūgščių insercijų kiekis sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_inser_sar string open

Sąrašas aptiktų aminorūgščių insercijų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_neidentifikuotu_ar integer open

Bendras kiekis neidentifikuotų aminorūgščių

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
nk_lygiavimo_ivertis integer open

Nukleotidų sekos lygiavimo įvertis

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
lygiavimo_sek_prad integer open

Nukleotidų lygiavimo sekos pradžia

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
lygiavimo_sek_pab integer open

Nukleotidų lygiavimo sekos pabaiga

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
padeng number open

Nusekvenuotos sekos padengimas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kod_sek_padeng string open

Koduojančių sekų padengimas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
transform_seka boolean open

Transformuota seka

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_unik_nk_klad_transform_pakaitu integer open

Unikalių konkrečiam kladui priskiriamų reversinių pakeitimų mutacijų kiekis nukleotidų sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
unik_nk_klad_transform_pakaitu_sar string open

Sąrašas unikalių konkrečiam kladui priskiriamų atvirkštinių mutacijų pakeitimų nukleotidų sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_unik_nk_klad_pakaitu integer open

Pakeitimų mutacijų būdingų specifiniam kladui kiekis nukleotidų sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
unik_nk_klad_pakaitu_sar string open

Sąrašas pakeitimų mutacijų būdingų specifiniam kladui nukleotidų sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ne_unik_nk_klad_pakaitu integer open

Pakeitimų mutacijų kurios nėra būdingos atitinkamam kladui ir nėra reversinės kiekis nukleotidų sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
ne_unik_nk_klad_pakaitu_sar string open

Sąrašas pakeitimų mutacijų kurios nėra būdingos atitinkamam kladui ir nėra atvirkštinės nukleotidų sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_nk_klad_pakaitu integer open

Bendras kiekis unikalių mutacijų nukleotidų sekoje priskiriamų specifiniam kladui

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_unik_ar_klad_transform_pakaitu integer open

Unikalių konkrečiam kladui priskiriamų atvirkštinių pakaitinių mutacijų kiekis aminorūgščių sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
unik_ar_klad_transform_pakaitu_sar string open

Sąrašas unikalių konkrečiam kladui priskiriamų atvirkštinių pakeitimų mutacijų aminorūgščių sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_unik_ar_klad_pakaitu integer open

Pakaitinių mutacijų būdingų specifiniam kladui kiekis aminorūgščių sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
unik_ar_klad_pakaitu_sar string open

Sąrašas pakaitinių mutacijų būdingų specifiniam kladui aminorūgščių sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ne_unik_ar_klad_pakaitu integer open

Pakaitinių mutacijų kurios nėra būdingos atitinkamam kladui ir nėra atvirkštinės kiekis aminorūgščių sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
ne_unik_ar_klad_pakaitu_sar string open

Sąrašas pakaitinių mutacijų kurios nėra būdingos atitinkamam kladui ir nėra reversinės aminorūgščių sekoje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_ar_klad_pakaitu integer open

Bendras kiekis unikalių mutacijų aminorūgščių sekoje priskiriamų specifiniam kladui

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
trukstamu_nk_sar string open

Sąrašas aptiktų trūkstamų nukleotidų

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
sakos_pirmtk_pav string open

Šakos pirmtako pavadinimas referenciniame filogenetiniame medyje

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
sakos_pirmtk_nk_pakaitu_sar string open

"Aptiktų nukleotidų pakaitų sąrašas, palyginus su šakos pirmtako genotipu"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
sakos_pirmtk_nk_iskr_sar string open

"Aptiktų nukleotidų iškritų sąrašas, palyginus su šakos pirmtako genotipu"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
sakos_pirmtk_ar_pakaitu_sar string open

"Aptiktų aminorūgščių pakaitų sąrašas, palyginus su šakos pirmtako genotipu"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
sakos_pirmtk_ar_iskr_sar string open

"Aptiktų aminorūgščių iškritų sąrašas, palyginus su šakos pirmtako genotipu"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pango_pirmtk_pav string open

Pirmtako pavadinimas atskaitos filogenetiniame medyje pagal Pango liniją

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pango_pirmtk_nk_pakaitu_sar string open

"Nukleotidų pakaitų sąrašas, būdingas Pango linijos pirmtako sekai, su kuria lyginama tiriamoji seka"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pango_pirmtk_nk_iskr_sar string open

"Nukleotidų iškritų sąrašas, būdingas Pango linijos pirmtako sekai, su kuria lyginama tiriamoji seka"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pango_pirmtk_ar_pakaitu_sar string open

"Aminorūgščių pakaitų sąrašas, būdingas Pango linijos pirmtako sekai, su kuria lyginama tiriamoji seka"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pango_pirmtk_ar_iskr_sar string open

"Aminorūgščių iškritų sąrašas, būdingas Pango linijos pirmtako sekai, su kuria lyginama tiriamoji seka"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
ar_jn1 string open

"Požymis, nurodantis, ar lyginama su JN.1 koronaviruso variantu"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
jn1_nk_pakaitu_sar string open

"Aptiktų nukleotidų pakeitimų, susijusių su JN.1 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
jn1_nk_iskrit_sar string open

"Aptiktų nukleotidų iškritų sąrašas, palyginti JN.1 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
jn1_ar_pakait_sar string open

"Aptiktų aminorūgščių pakeitimų, susijusių su JN.1 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
jn1_ar_iskr_sar string open

"Aptiktų aminorūgščių iškritų sąrašas, palyginti su JN.1 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
ar_xbb15 string open

"Požymis, nurodantis, ar lyginama su XBB.1.5 koronaviruso variantu"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
xbb15_nk_pakaitu_sar string open

"Aptiktų nukleotidų pakeitimų, susijusių su XBB.1.5 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
xbb15_nk_iskr_sar string open

"Aptiktų nukleotidų iškritų sąrašas, palyginti XBB.1.5 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
xbb15_ar_pakait_sar string open

"Aptiktų aminorūgščių pakeitimų, susijusių su XBB.1.5 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
xbb15_ar_iskr_sar string open

"Aptiktų aminorūgščių iškritų sąrašas, palyginti su XBB.1.5 variantu, sąrašas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
nezinomos_ar_sritys string open

Aptiktų gretimų nežinomos aminorūgšties sričių sąrašas (aminorūgšties simbolis X)

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
dviprasmiu_nk_sar string open

"Aptiktų dviprasmių nukleotidų sąrašas (nukleotidų simboliai, kurie nėra A, C, G, T, N)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kokybes_kontrl_slenkstis integer open

"Slenkstis, kuris buvo naudojamas kokybės kontrolės (QC) taisyklei „Trūkstami duomenys“ (angl. Missing data)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_ivertis number open

"Įvertis pagal kokybės kontrolės taisyklę „Trūkstami duomenys“ (angl. Missing data)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_statusas string open

"Statusas pagal kokybės kontrolės taisyklę „Trūkstami duomenys“ (angl. Missing data)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_trukstami_nk integer open

"Bendras trūkstamų nukleotidų skaičius, panaudotas kokybės kontrolės taisyklėje „Trūkstami duomenys“ (angl. Missing data)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_misriu_vietu_riba integer open

"Slenkstinė riba naudota „mišrių vietų“ (angl. Mixed sites) kokybės kontrolei"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
misriu_vietu_kk_ivert integer open

"„Mišrių vietų“ (angl. Mixed sites) kokybės kontrolės įvertinimas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
misriu_vietu_kk_busena string open

"„Mišrių vietų“ (angl. Mixed sites) kokybės kontrolės būsena"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_misriu_vietu_dviprasmisku_nk integer open

"Bendras dviprasmiškų nukleotidų skaičius, naudotų „mišrių vietų“ (angl. Mixed sites) kokybės kontrolei"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_privacios_mutacijos_riba integer open

"Ribinis parametras, naudojamas kokybės kontrolei unikalioms mėginiui būdingoms mutacijoms (angl. private mutations)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_privacios_mutacijos_param integer open

"Perteklinis parametras, naudojamas kokybės kontrolei unikalioms mėginiui būdingoms mutacijoms (angl. private mutations)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_privaciu_mutaciju_balas number open

Unikalių mėginiui būdingų mutacijų (angl. private mutations) kokybės kontrolės balas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_privaciu_mutaciju_busena string open

Unikalių mėginiui būdingų mutacijų (angl. private mutations) kokybės kontrolės būsena

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
svertine_privaciu_mutaciju_riba integer open

"Svertinė unikalios mėginiui būdingų mutacijų (angl. private mutations) suma, naudojama kokybės kontrolei unikalioms mėginiui būdingoms mutacijoms"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_remelio_posl_sar string open

"Aptiktų rėmelių poslinkių sąrašas „Rėmelių poslinkių“ (angl. Frame shifts) kokybės kontrolėje (išskyrus ignoruojamus)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_kk_remelio_posl integer open

"Bendras aptiktų rėmelių poslinkių skaičius pagal kokybės kontrolę „Rėmelių poslinkiai“ (angl. Frame shifts) (išskyrus ignoruojamus)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_ignor_remelio_posl_sar string open

"Rėmelio poslinkio sąrašas, kuris neraportuojamas dėl ​​ignoruojamo sąrašo"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_kk_ignor_remelio_posl integer open

"Bendras aptiktų rėmelio poslinkių, bet neraportuojamų dėl ignoruojamų rėmalio poslinkio sąrašo"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_remelio_posl_balas integer open

"„Rėmelio poslinkio“ (angl. frame shift) kokybės kontrolės balas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_remelio_posl_statusas string open

"„Rėmelio poslinkio“ (angl. frame shift) kokybės kontrolės būsena"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_stop_kodonai_sar string open

"Sąrašas aptiktų stop kodonų QC taisyklėje „Stop kodonai“ (angl. stop codons)"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_kk_stop_kodonai integer open

"Bendras aptiktų stop kodonų skaičius „Stop kodonų“ kokybės kontrolės taisyklėje"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_stop_kodonai_balas integer open

"„Stop kodonų“ kokybės kontrolės balas"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
kk_stop_kodonai_busena string open

"„Stop kodonų“ kokybės kontrolės būsena"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
viso_pgr_pradmenu_nk_mut integer open

"Bendras nukleotidų mutacijų, aptiktų PGR pradmenų regionuose, skaičius"

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
pgr_pradmenu_pakaitu_sar string open

Aptiktų PGR pradmenų pakeitimų sąrašas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
nepavyk_kds_sar string open

Nepavykusio vertimo CDS sąrašas

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
ispejimai string open

Įspėjimai

Kuriama (develop)
4
(rengiama)
klaidos string open

Klaidos

Kuriama (develop)
4
(rengiama)

"Duomenys iš Nacionalinės visuomenės sveikatos priežiūros laboratorijos sekoskaitos tyrimų duomenų bazės apie SARS-CoV-2 viruso atliktos sekoskaitos rezultatus. Viena eilutė yra vieno SARS-CoV-2 mėginio sekoskaitos rezultatas. Seskoskaitos rezultatai generuojami naudojant Nextclade programinę įrangą. Vienos eilutės informaciją sudaro laboratorijos priskirtas mėginio identifikacinis numeris, tiriamam virusui priskirti klado (virusų grupės) pavadinimai pagal atitinkamą kriterijų, nurodomos nukleotidų ir aminorūgščių pakaitos, iškritos ir insercijos, taip pat sekoskaitos kokybės kontrolės įverčiai."

Komentarai

Komentuoti gali tik prisijungę naudotojai